Émigré très jeune à Barcelone, Juan Fernandez travaillait aux ateliers de chemins de fer de Villanova y Geltru où il organisera le syndicat CNT des cheminots. Il occupera à plusieurs reprises des postes de responsabilité tant à la CNT qu’à la Fédération Anarchiste Ibérique (FAI).

Exilé en France lors de la Retirada, il a été interné dans divers camps avant de pouvoir travailler comme ouvrier agricole. Arrêté par les Allemands pendant l’occupation, il était envoyé sur les chantiers du mur de l’Atlantique. Après s’être évadé il faisait l’objet d’un avis de recherche émis par la Gestapo.

En 1948 il était le secrétaire à la coordination de la FL de Gaillon (Eure) aux cotés de Juan Barral (secrétaire) et Claudio Llobet (trésorier). Il fut ensuite nommé secrétaire départemental de la CNT de l’Eure puis secrétaire de la FAI régionale. En janvier 1950, lors d’un plenum tenu à Rouen, il avait été nommé secrétaire du Comité interdépartemental de Normandie de la CNT en exil.aux cotés de Sebastian Marco (trésorier) Jorge Casals (comptable), Joaquin Ariño (juridique) et Buenaventura Llobet (propagande).

Juan Fernandez est mort le 13 octobre 1973.