Après le débarquement allié de juin 1944 et les combats pour la Libération, Juan Fernandez fut comme un certain nombre d’antifascistes espagnols arrêté par les troupes alliés. En octobre 1944, avec des prisonniers allemands et italiens, il fut transféré en Grande Bretagne où il fut interné comme « prisonnier de guerre » au camp de concentration de Kirkham.

A partir de juillet 1945 les organisations antifascistes espagnoles commencèrent une campagne pour obtenir la libération de ces militants et leur éventuel rapatriement en France.