Manuel Joaquim de Sousa avait été l’un des fondateurs de l’Union ouvrière nationale (UON) pour laquelle il avait parcouru, la plupart du temps à pieds, tout le Portugal. Il était membre du groupe qui éditait à Oporto l’hebdomadaire A Vida. Il participa directement à la conspiration qui mit fin à la dynastie des Braganza et permit en octobre 1910 l’instauration de la République.
En 1915 il fut délégué à la conférence internationale pour la paix tenue à El Ferrol (Galice) ce qui lui valut d’être expulsé d’Espagne où l’année suivante, déserteur, il s’installait à Barcelone où il participait très activement au mouvement libertaire. Cette même année il était emprisonné pour la première fois lors de la grande grève des postes et télégraphes.
Lors du congrès de fondation de la CGT portugaise en 1919, il était le secrétaire de la 2e section de l’UON et fut élu secrétaire général de la nouvelle confédération où il allait déployer une grande activité ainsi qu’à la rédaction de son organe A Batalha. Il représenta la CGT au congrès de la CNT au théâtre de la Comedia en 1919 à Madrid. Il fut l’un des artisans de la lutte contre l’influence communiste au sein de la confédération portugaise et lors du congrès de Covilha de l’adhésion de la CGT à l’AIT qui venait de se reconstituer à Berlin.
Lors de la conférence tenu en 1923 à Evora des organisations ouvrières ibériques et où il représentait la CGT, il défendit pour la première fois l’idée d’unification du mouvement anarchiste ibérique. Fin 1923 il allait à Séville pour y rencontrer le Comité national de la CNT suite au coup d’État de Primo de Rivera. Arrêté au domicile de Pedro Vallina avec d’autres membres du CN, il était incarcéré le 24 décembre 1923 et ne fut libéré qu’en mars 1924 où il rentra à Lisbone.
Membre du comité confédéral de la CGT, il participa en 1925 au congrès de Santarén où étaient représentés plus de 100.000 adhérente et où fut ratifié l’adhésion à l’AIT.
En mai 1926 il participa à la conférence internationale de l’AIT tenue à Paris puis –sans doute avec son fils Germinal - au congrès tenu à Marseille par la Fédération des groupes anarchistes de langue espagnole où, soutenu par M. Pérez, il argumenta en faveur de la formation d’une organisation unique réunissant les anarchistes espagnols et portugais, ce qui aboutira, le 25 juin 1927, à la fondation de la Fédération anarchiste ibérique (FAI) C’est pendant son voyage de retour au Portugal que se produisit le coup d’État de Salazar. Participant activement à la lutte contre le nouveau régime, il fut emprisonné quelques mois en 1928 et ne cessa dès lors de participer à la clandestinité du mouvement libertaire portugais.
En 1931 il assita au congrès de la CNT dit du Conservatorio. Il fut une nouvelle fois arrêté en 1932 et emprisonné pendant plus de 30 mois.
Manuel Joaquim de Sousa a collaboré à un grand nombre de titres de la presse libertaire portugaise dont A Aurora, A Comuna, A Sementeiro, O Anarquistas, etc. et de langue espagnole comme La Protesta (Bienos Aires) et son supplément.
Manuel Joaquim de Souza est mort à Lisbonne le 27 février 1945.