Le 3 septembre 1922, Pierre Pontal, qui s’était tiujours opposée à la politique d’union sacrée préconisée par la direction de la CGT, cofonda la section lyonnaise du Comité de défense syndicaliste (CDS). Cette structure regroupait la minorité dite « anarcho-syndicaliste » de la CGTU, et il en fut le cosecrétaire avec Nury et Perretiere. Le 20 septembre il fut élu secrétaire adjoint de l’union départementale unitaire (UDU) du Rhône, dont le secrétaire était Henri Fourcade. Pontal resta adjoint lorsque Fourcade passa la main à Théophile Leclair* au secrétariat.

Le 5 août 1923, il participa au 2e congrès régional de la CGTU à Villeurbanne. Il y présenta un rapport sur l’orientation syndicale insistant sur la nécessité de lutter contre l’État « qui trompe les travailleurs », qui est « un voleur et un assassin ». Il mettait en exergue l’action directe « qui arrache l’ouvrier à son apathie » et devait s’inscrire dans la perspective de la grève générale. Le syndicat « seul et véritable parti de classe » devait conserver « son entière autonomie et ne subir aucune subordination politique ou philosophique ». Le rapport s’opposait enfin au maintien de la CGTU dans l’Internationale syndicale rouge (ISR). Sa motion l’emporta par 65 voix contre 24 à celle des communistes. Au terme du congrès régional, il fut élu à la commission de propagande de l’union régionale.

Le 1er janvier 1924, Théophile Leclair démissionna de son poste de secrétaire de l’UDU et Pontal assura l’intérim jusqu’à son élection officielle le 27 février. Cette élection fut un temps fort de la lutte entre communistes et anarcho-syndicalistes au sein de l’UDU du Rhône. En effet, Pontal était à ce moment-là secrétaire du Syndicat autonome des métaux du Rhône, sorti le 8 février de la CGTU suite à la fusillade de la Grange-aux-Belles (voir Clos et Poncet). Certaines sources le disent aussi secrétaire du syndicat lyonnais des cheminots du réseau de l’Est, également passé à l’autonomie. Bien que s’étant placé en-dehors de la CGTU, Pontal fut élu secrétaire de l’UDU le 27 février 1924 par 53 voix contre 40. C’était un défi lancé à la direction confédérale.
Aussitôt Pontal élu, les communistes démissionnèrent du comité général de l’UDU et le 29 février 1924, une circulaire signée de Pontal fustigeait « les farouches moscoutaires [qui] en vertu de l’unité ont décidé de diviser l’Union des syndicats du Rhône en constituant une nouvelle union départementale ».
La situation de l’UDU resta confuse durant le reste de l’année 1924, puisqu’elle regroupait des syndicats affiliés à la CGTU et d’autres autonomes, assurant la majorité aux anarcho-syndicalistes. Pontal défendit la légitimité de l’UDU lors du comité confédéral national de septembre 1924 à Paris, qui condamna à la quasi unanimité le caractère antistatutaire de l’UDU du Rhône.
Le 1er novembre 1924 il avait participé à la conférence de la minorité syndicaliste révolutionnaire qui, à la Maison des syndicats de l’Aveneue Mathurin Moreau à Paris, avait réuni une centaine de délégués CGT, CGTU et autonomes.

Après que le congrès de l’UDU, en novembre 1924, eut refusé de se conformer aux statuts confédéraux en clarifiant la situation des syndicats autonomes, la CGTU accorda la reconnaissance exclusive à une nouvelle UDU, formée le 14 décembre 1924 par les communistes.
L’UDU anarcho-syndicaliste se retrouva alors entièrement dans l’autonomie. À son congrès du 8 février 1925, elle se rebaptisa Union des syndicats autonomes du Rhône et conserva les locaux historiques du 86, cours Lafayette à Lyon. Pierre Pontal y fut confirmé comme secrétaire.

Le 15 mars 1925, à l’issue d’un meeting tenu à Tarrare et qui avait réuni environ 800 personnes, Le Libertaire signalait qu’i avait été agressé par un contradicteur communiste.