C’est vers la fin de l’été 1904 que Philippe Mischler, au nom de ses convictions anarchistes, avait refusé le service militaire ce qui lui avait valu une condamnation à 4 mois de prison et un an de privation des droits civiques par le tribunal de la caserne de Colombier où il avait été défendu par le compagnon Louis Avennier.
Dans un article du Réveil (24 septembre 1904), intitulé “Ne sois plus soldat”, L. Bertoni, en solidarité avec Mischler et un autre objecteur nommé Vaucher, écrivait : « …Recrues, conscrits, révoltez vous ! Ne donnez pas votre consentement à la plus barbare des institutions, ne sanctionnez pas le triomphe de tout le régime bourgeois en acceptant de la défendre par les armes ! Que non seulement votre conscience, une partie de vous, se révolte à l’injonction de l’État ; mais que tout votre être se refuse pour toujours à se plier à la discipline militaire… Recrues, conscrits, ne répondez plus à l’appel ! Préférez le sort de Mischler et Vaucher à celui de l’immense troupeau des asservis ! ».
Le 1er mai 1905 il fut l’éditeur du numéro unique de L’Aube Nouvelle (Neuchâtel) sous-titré « Ni Dieu, ni maître » et « Plus un homme, plus un sou pour le militarisme ».
Le 26 octobre 1906 il refusa de nouveau le service militaire, et toujours défendu par Avennier, fut condamné en novembre comme déserteur et récidiviste à 8 mois de prison et 4 ans de privation des droits civiques. Lors de ce procès, il avait notamment déclaré : « Je tiens à la vie pour lutter avec mes camarades envers et contre vous. Je tiens à la vie pour faire à nos maîtres tout le mal possible. Mais si mes camarades ont besoin de ma vie, je la leur donne, je ne la donne qu’à eux. Elle leur appartient, elle ne vous appartiendra jamais ! Militant je tiens à la vie pour lutter à mon rang de prolétaire… En tout cas je ne donnerai pas ma vie pour la défense des biens et richesses des gens avec lesquels je n’ai aucun lien de fraternité, des gens qui sont mes ennemis conscients, volontaires, tandis que mes soi-disant ennemis d’outre-frontières ne le sont qu’inconsciemment, involontairement(cf. Les Temps nouveaux, 8 décembre 1906).”
Le 12 février 1907, lors du congrès de la Fédération des unions ouvrières de la Suisse Romande (FUOSR) tenu à Neuchâtel et présidé par L. Bertoni, fut adoptée la motion suivante : « Le congrès… envoie au camarade Mischler, détenu à Neuchâtel pour refus de service militaire, ses félicitations et l’assure de l’appui énergique de la classe ouvrière. Les prolétaires approuvent tous ceux qui, selon les termes consacrés, ne veulent pas être les chiens de garde du capital… Le camarade Mischler mérite, en tant qu’ouvrier, et ouvrier persécuté pour ses idées qui sont les nôtres, le camarade Mischler mérite toute notre sympathie et peut compter sur elle ».
Peu après sa libération de prison en juillet 1907, sa participation à une chorale antimilitariste, lui valut d’être immédiatement expulsé du canton de Vaud.