Le 7 juillet 1972, Francesco Mastrogiovanni et Giovanni Marini, qui menaient une contre enquête sur l’affaire Valpreda, les attentats de 1969 et la mort mystérieuse de 5 compagnons, étaient agressés par un groupe de fascistes du MSI. Mastrogiovanni était blessé d’un coup de couteau à la jambe tandis qu’un fasciste était tué. Mastrogiovanni fut emprisonné pendant 8 mois, condamné à 1 an tandis que Marini sera condamné en 1975 à 8 ans de prison.

Le 5 octobre 1989, suite à une banale dispute avec un carabinier, il était arrêté et condamné à 3 ans de prison pour « coups et résistance à la force publique » malgré les témoignages favorables de six personnes. En appel en 2001 il état finalement acquitté mais signalé comme “anarchiste dangereux”. Lors de ses passages en prison et de ses arrestations, il avait été à plusieurs reprises maltraité.
En 2002, les autorités le faisaient interner une première fois en asile psychiatrique « pour le soigner ».

Le 1er août 2009 les autorités décidaient une nouvelle fois de l’interner à l’hôpital Luca di Valo della Lucania (Salerne) où il décédait mystérieusement le 4 août suivant, sans doute faute de soins et dans de circonstances étranges. Un comité Vérité et justice pour Franco, organisé par les compagnons et animé notamment par Giuseppe Galzerano, tentera d’éclaircir les circonstances de sa mort et accusera les autorités d’assassinat d’État.