Né dans une famille de révolutionnaires, frère aîné de François et Pierre Mouiller, Jean-Baptiste fut, au printemps 1891, l’un des fondateurs à Roanne (Loire) du groupe de la Jeunesse antipatriotique, aux côtés de Claude James et Louis Segaud ; il participa ardemment à toutes ses activités jusqu’à son départ pour l’armée, en 1892, d’où il revint avec des opinions renforcées ; il fut inscrit alors sur la liste des anarchistes dangereux, et surveillé comme tel.

En mai-juin 1895, il intervint dans l’agitation des ouvriers du textile à L’Arbresle (Rhône), et fut leur avocat auprès des syndicats de Roanne ; dans les années suivantes, cependant, il abandonna son action politique et fut radié de l’état des anarchistes en 1903.