François Mouiller appartenait à une famille de révolutionnaires roannais et était le frère de Pierre et Jean-Baptiste Mouiller ; au début de 1891, il participa à la création du groupe de la « Jeunesse antipatriotique » ; il fut l’un des convives des banquets antimilitaristes de juin 1891 et mars 1892. Très décidé, il fut l’un des meneurs de plusieurs grèves survenues en décembre 1893 et janvier 1894 à l’usine de cotonnades Bréchard, d’où il fut renvoyé en mai.

Le 1er janvier 1894 l’un des frères Mouiller, comme 4 autres militants de Roanne — Thomasson, Augay, Juiry, Rimaud — avait été l’objet d’une perquisition qui n’avait donné aucun résultat. Il fut inscrit sur la liste des anarchistes et, après son retour du service militaire, continua son action tour à tour à Roanne, Lyon (1905-1907), Tarare et Thizy (Rhône).