François Parraton joua un rôle actif dans le mouvement révolutionnaire lyonnais. Le 18 septembre 1870, il fut élu membre du Comité central du Salut de la France et contribua, pour une très grande part, à élaborer un plan insurrectionnel avec Bakounine, Palix et quelques autres (J. Guillaume, L’Internationale, t. II, p. 92). Avec eux il signa l’affiche datée du 26 septembre et intitulée « Fédération révolutionnaire des Communes ». Cette affiche énumérait sept articles dont le premier décrétait l’abolition de l’État (cf. G. Bourgin, La Commune de 1870-1871, p. 274). Deux jours plus tard, à midi, il fut au nombre des manifestants appelés place des Terreaux par le Comité central du Salut de la France et le Comité central fédératif et il fut de ceux qui forcèrent l’entrée de l’Hôtel de Ville. Lors de la deuxième révolution lyonnaise — nuit du 22 au 23 mars 1871 — la Commune fut proclamée du balcon de l’Hôtel de Ville par le délégué de Paris, Albert Leblanc, et Parraton fit partie du Comité provisoire de 11 membres qui fut alors désigné. Dans son rapport du 2 avril 1879 (Arch. Nat., BB 24/865) le commissaire du gouvernement précisait ainsi le rôle de Parraton lors de cette affaire : « Est entré le 22 l’un des premiers à l’Hôtel de Ville et a proclamé la Commune du haut du balcon ; il en a été nommé l’un des membres par acclamations […]. Dans la nuit du 24, abandonné des siens et se voyant à peu près seul, il a signé une démission qu’il a envoyée au préfet. » Deux jours plus tard, le mouvement avait échoué. Parraton, après être demeuré un des derniers à l’Hôtel de Ville, réussit à passer en Suisse. Le 13 avril, il était à Neuchâtel, mais il voulut gagner Paris et il fut arrêté en gare de Tonnerre (J. Guillaume, L’Internationale, t. II, pp. 139-140),

Après l’échec de la Commune parisienne, le 2e conseil de guerre le condamna, le 2 septembre, à la déportation en Nouvelle-Calédonie.

Le 13 août précédent, il avait déjà été condamné par le 1er conseil de guerre à cinq ans de détention. Dans l’attente du départ, enfermé au château d’Oléron, il écrivit le 13 septembre 1872 à James Guillaume pour dénoncer ses gardiens et le directeur de la prison (Cf. Bulletin de la Fédération jurassienne, 15 octobre 1872. Le nom du signataire de la lettre n’est pas indiqué, mais il est donné par J. Guillaume dans l’Internationale, t. III, p. 37, n. 3). Une remise de peine lui fut accordée le 24 mai 1879.