Demeurant 25 rue Rabelais, Jean-Marie Thomas, veuf, ouvrier vernisseur qui tint aussi à Lyon un petit commerce d’herboristerie qui fut déclaré en faillite, fut arrêté le 19 novembre 1882, ainsi que de nombreux militants anarchistes de la Fédération révolutionnaire de l’est, à la suite des violentes manifestations des mineurs de Montceau-les-Mines et des attentats à la bombe perpétrés à Lyon en octobre 1882. Impliqué dans le procès dit « Procès des 66 », qui s’ouvrit à Lyon le 8 janvier 1883, devant le tribunal correctionnel, Thomas fut classé dans la deuxième catégorie des prévenus (voir Bordat Toussaint). À l’audience, bien qu’il ait déclaré s’être retiré depuis longtemps de la Fédération, Thomas n’en affirma pas moins ses convictions anarchistes. Il fut acquitté le 19 janvier 1883.

Il milita ensuite au sein d’un groupe anarchiste appelé L’Étendard révolutionnaire, en souvenir de l’ancien journal de la fédération. Ce groupe s’était formé au lendemain du procès de Lyon quand fut désorganisée la fédération révolutionnaire.

Thomas adhéra à La Bibliothèque d’Études scientifiques et sociales que fonda Joseph Bernard en mai 1886.