Né dans une famille juive de la Galicie orientale (Empire Austro-Hongrois), Isaak Aufseher s’était installé en 1928 en Allemagne où il adhéra au Leninbund, une scission de gauche du parti communiste (KPD) proche du trotskisme. Après la prise de pouvoir par les nazis, il émigrait en 1933 d’abord à Paris puis à Barcelone où, avec sa compagne Margot Tiertz il allait tenir un kiosque de livres sur les Ramblas. Début 1935 son kiosque était fermé par les autorités et il était expulsé d’Espagne avec sa compagne suite à une demande de l’ambassade allemande.
Revenu à Barcelone au début 1936, il était arrêté et emprisonné à la prison Modelo dont il ne sera libéré que quelques jours avant le coup d’État franquiste du 19 juillet 1936. Il s’intégrait dès le début de la révolution au groupe anarcho-syndicaliste allemand DAS et devenait le responsable du Comité international des émigrés antifascistes (CIDEA) qui disposait à Barcelone de plusieurs locaux dont un chalet propriété d’un ordre catholique allemand lié aux nazis et réquisitionné par les antifascistes allemands. Ernst Appel et Arthur Lewin étaient les deux autres représentants du DAS au CIDEA où il y avait également deux délégués du parti communiste KPD et deux du POUM.
Aufseher s’occupa plus particulièrement de trouver des fonds auprès des organisations juives pour aider les émigrés juifs de Barcelone y compris pour gagner la Palestine ou pour leur obtenir la nationalité espagnole auprès du gouvernement républicain. Il participa également aux réquisitions de locaux et de biens appartenant aux allemands sympathisants des nazis à Barcelone.
Isidor Aufseher, qui s’était souvent affronté aux représentants du parti communiste dont il avait dénoncé les manœuvres au sein du CIDEA, échappa aux nombreuses arrestations de militants du DAS et d’autres organisations libertaires qui suivirent les affrontements de mai 1937 avec les staliniens. Pour échapper à cette répression et après avoir obtenu auprès du Consultat de France un visa de transit pour la Pologne, il quitta l’Espagne le 17 juillet 1937 avec la journaliste britannique Emmy Wiechelt-Scholem sa compagne de l’époque et retourna à Paris où il allait vivre clandestinement jusqu’en mars 1939. Il gagna alors la Suisse, où il n’obtiendra un permis de travail qu’en 1945.
De 1944 à 1946, avec Heinrich et Felix Koechlin, il fut l’éditeur de la revue Blätter für Freiheitlichen Sozialismus (Bâle). Puis, toujours avec les frères Koechlin, il publia Der Freiheitliche Sozialist (1947-1949, 10 numéros) qui était imprimé à Paris pour échapper à la censure.
Isaak Aufseher milita jusqu’à son décès à Bâle le 23 mai 1977 au groupe socialiste libertaire Freiheitliche Sozialisten.