D’une famille socialiste, Heinrich Koechlin fit des études de lettres et enseigna brièvement dans sa ville ; il s’engagea en faveur des réfugiés pendant la Seconde Guerre, comme Isaac Aufseher, qui avait été membre des Deutsche Anarchosyndikalisten (DAS) à Barcelone, puis des réfugiés et immigrants espagnols.
Koechlin était en 1946 membre du groupe des ouvriers socialistes libertaires de langue allemande à Bâle En 1947 il partit pour Paris faire des recherches pour sa thèse sur la Commune et publia avec son frère Felix et Isaac Aufseher Der freiheitliche Sozialist (10 numéros de 1947 à 1949 ; imprimé à Paris), suite des Blätter für freiheitlichen Sozialismus (1944-1946) que les trois compères avaient publiées à Bâle, malgré la censure de la guerre qui sévissait encore. Il était à Paris en contact avec des anarchistes français et espagnols et adhéra à la CNT espagnol en exil.
De retour à Bâle, il fonda la maison d’édition Don Quijote en 1950 pour y publier sa thèse, qui fut remarquée par Albert Camus et Hannah Arendt, et traduite la même année en Argentine (Ideologias y tendencias en la Comuna de Paris ; rééd. Proyección, 1965). Il préfaça aussi l’édition argentine de La Revolucion de Gustav Landauer. Il publia aussi des revues (Akratie, Sisyphos), une étude sur Proudhon et de nombreuses traductions d’auteurs libertaires.
Il invitait fréquemment des orateurs pour le Premier Mai, comme José Peirats, Gaston Leval, Federica Montseny, notamment pour s’adresser à la communauté espagnole de Bâle.
Heinrich Koechlin est décédé à Bâle le 7 mai 1996.