En octobre 1905, suite à la publication de l’affiche rouge Aux conscrits de l’Association internationale antimilitariste (AIA), Eugène Martin avait été arrêté.
Surveillé comme anarchiste à Auxerre, Eugène Martin quitta précipitamment la ville en décembre 1906 avec deux camarades, sa compagne Augustine Vigneron et l’ouvrier ébéniste Jester Perovic (ou Petrovtich). Ce départ suspect fut signalé par la préfecture de l’Yonne et la « brigade des anarchistes », à Paris, les rechercha activement. Dès son arrivée à Paris en 1907, Eugène Martin fréquenta les milieux libertaires.
En 1910, il fit la campagne antiparlementaire au moment des élections législatives d’avril-mai. Candidat abstentionniste dans la 2e circonscription du XVIIIe arrondissement, il était « secondé » par Miguel Almereyda.
Par la suite, il fut administrateur délégué de l’imprimerie communiste L’Espérance, qui fut inaugurée le 15 juin 1910 au 3, rue de Steinkerque, à Paris 18e. Le conseil d’administration était alors formé d’Almereyda, de René Dolié, de Georges Durupt, de François Marie, de Armand Matha et d’Émile Tissier. Il se confopnd sans doute avec Eugène Germain dit “Martin” (voir ce nom) signalé dans certains rapports de police.
Peu après, il fut un des cofondateurs du Foyer populaire de Belleville, au 5, rue Henri-Chevreau, à Paris 20e, et en fut élu secrétaire. Il habitait alors au 11, rue de Romainville, à Paris 19e.
Le 30 mai 1911, Eugène Martin, qui était inscrit au Carnet B, fut désigné secrétaire de la Fédération révolutionnaire communiste (FRC) dont Lucien Belin était le trésorier, en remplacement d’Auguste Dauthuille, trop peu disponible. Martin organisa le congrès régional de la FRC, qui eut lieu le 4 juin 1911 et rassembla 70 délégués représentant 18 groupes de Région parisienne.
Fin mai 1911, lors d’une réunion au Foyer populaire de Belleville, il avait notamment déclaré : « Si une révolution éclatait par suite d’une guerre malheureuse, le devoir des anarchistes serait de brûler de suite les archives, les titres de propriété, les études de notaires, d’avoués, d’huissiers, de fusiller les autorités et au besoin les propriétaires qui n’auraient pas eu le temps de fuir, et de s’emparer de ce qui constitue la fortune publique pour donner au peuple des vivres, des vêtements et des habitations convenables. On organiserait aussitôt la production communiste et les vivres seraient répartis selon les besoins de chacun. Puis on éduquerait la masse pour l’habituer au communisme définitivement établi. »
A cette même époque il avait été à l’initiative d’un manifeste de soutien aux révolutionnaires mexicains.
En janvier 1912, Eugène Martin fondait, avec Eugène Jacquemin, Jean Fleur et Léon Michel, le groupe des Bakounistes, adhérent à la FRC. Selon la police, les Bakounistes étaient en fait un « groupe d’action directe » spécialisé dans les opérations violentes contre les manifestations nationalistes. Jacquemin, Martin, Fleur et Michel dirigeaient chacun une équipe d’une douzaine de militants, qui assurèrent par exemple le service d’ordre de la FRC aux obsèques d’Aernoult le 11 février 1912.
Comme la majorité des anarchistes communistes, il désapprouva l’épopée de la « bande à Bonnot ». Mais il regretta publiquement, dans le Bulletin de la FRC (20 mai 1912) l’acharnement des Temps nouveaux. « Ce fut de la révolte, de la révolte égarée ! » concluait-il.
Le 2 juillet 1912 Eugène Martin fut démis de ses fonctions de secrétaire de la FRC lors d’une réunion des « Amis du Libertaire », en raison des liens qu’il conservait dans la mouvance hervéiste. Officiellement, il fut donné démissionnaire pour des raisons de santé. Louis Lecoin et Édouard Boudot le remplacèrent aussitôt au secrétariat de l’organisation. En août 1912, sa compagne Eugénie Faisan, dite Nénette, le quitta pour Jean Bonafous. Il renoua alors avec son ancienne compagne, Augustine Vigneron.
Eugène Martin réduisit alors son activité. Il continua néanmoins à assister aux réunions de la FCAR puis, durant la Grande Guerre, des Amis du Libertaire, jusqu’en août 1915. En 1914, il avait été maintenu réformé n°2. Son métier l’appela ensuite à beaucoup voyer en province.
En 1923, il vivait toujours rue de Romainville avec Augustine Vigneron et travaillait pour la maison Darcissac, 40, rue de la Réunion et 53, rue des Haies, à Paris 20e. Leur domicile figurait toujours sur la liste des anarchistes dont le domicile était soumis à vérification bimensuelle. Il avait cependant été rayé du carnet B le 12 juin 1922.