Militant en Andalousie, Francisco Pérez, était parvenu au début de la guerre civile à gagner Cartagène, avant d’être nommé membre du Comité péninsulaire de la Fédération Ibérique des Jeunesses libertaires (FIJL) à Barcelone. Exilé en France lors de la Retirada, il milita à partir de la libération à la FL-CNT de Lyon où il était lié à Cayetano Zaplana Zapata. En août 1946 il fut le délégué de la régionale 4-5 au Plenum national de régionales en exil.

Au début des années 1950 il était le responsable des fonds destinés aux compagnons emprisonnés en Espagne. En 1951, suite à l’attaque le 18 janvier par un groupe d’action d’un fourgon postal rue Duguesclin à Lyon il fut arrêté comme plus d’une trentaine de militants libertaires de la CNT dont José Peirats, P. Mateu et J. Pascual qui furent tous l’objet de coups et mauvais traitements par la police. Bien qu’il n’ait rien à voir avec cette attaque, il fut acusé d’avoir participé ou de complicité dans diverses attaques réalisées dans la région de Lyon et Grenoble entre 1946 et 1950 et fut condamné à 10 ans de prison lors du procès tenu en janvier 1955. Libéré au bout de 8 ans de détention, il fut assigné à résidence à Angers pendant plusieurs années avant de pouvoir revenir à Lyon.

Francisco Pérez est décédé d’un cancer à Lyon le 26 janvier 1973, un an après sa retraite.