Fils d’un quartier maître, Julien Le Pen avait commencé à militer aux Jeunesses syndicalistes, puis en 1917 fut membre du Comité de Défense Sociale. Puis il fut membre de la commission exécutive de la Fédération du bâtiment et militant du syndicat des monteurs électriciens où il défendit les thèses des comités syndicalistes révolutionnaires. En janvier 1921 il démissiona de la commission exécutive pour protester contre l’attitude du secrétaire fédéral très hostile aux minoritaires. Au congrès de la fédération du bâtiment tenu à Dijon en mai 1921, il représenta avec Teulade, Jouve et Verdier la minorité de la région parisienne puis, après la victoire des thèses minoritaires, fut élu secrétaire à la propagande de la Fédération. Il participa au congrès de fondation de la CGTU au congrès de Saint-Étienne.
Après la scission survenue dans la CGT, il se rendit en Bretagne en février 1922 pour y réorganiser la fédération CGTU du bâtiment. Lors de la grève générale déclenchée au Havre en 1922, il fut arrêté et emprisonné avec plusieurs autres compagnons dont Bousquet. Au sein de la Fédération CGTU du bâtiment, les anarcho-syndicalistes et syndicalistes révolutionnaires étaient majoritaires face aux communistes, et en juin 1923 ils menèrent une campagne antimilitariste relayée par Le Travailleur du bâtiment et pour laquelle Julien Le Pen fut condamné à 4 mois de prison avec entre autres Courtinat et Monnier. Au congrès tenu en juillet 1923 par la fédération unitaire, il fut l’un des signataires de la motion affirmant « l’attachement de la fédération à l’indépendance syndicale » et condamna l’emprise des partis politiques sur les syndicats.
En décembre 1923, avec J. S. Boudoux, P. Jouteau, G. Courtinat, J. Parant et H. Mercenier, il participa à la fondation du Cercle syndicaliste Fernand Pelloutier dont le siège se trouvait 33 rue de la Grange-aux-Belles.
Le Libertaire (21 mai 1924) sgnalait le décès de son fils Robert (18 ans) survenu le 18 mai et incinéré au Père Lachaise.
Cette même année 1924 il fut l’un des animateurs avecVittorio Messerotti du comité de soutien à Mario Castagna.
Le 1er novembre 1924 il avait participé à la conférence de la minorité syndicaliste révolutionnaire qui, à la Maison des syndicats de l’Aveneue Mathurin Moreau, avait réuni une centaine de délégués CGT, CGTU et autonomes. Il s’y était notamment opposé à la formation d’une troisième CGT, préférant la constitution d’un organisme de liaison entre les forces syndicalistes (cf. Le Libertaire, 2 novembre 1924). A l’issue de cette conférence avait été fondée l’union fédérative de syndicats autonomes dont il avait été nommé membre de la Commission provisoire aux cotés de Besnard, Corre, Courtinat, Gaudeaux, Guigui, Huart, Juhel, Pecastaing, Sarolea et Verdier.
Lors du congrès du bâtiment tenu à Lyon en juin 1925, et après la rupture survenue avec les communistes, Le Pen défendit le retour à la CGT face à la position des camarades se prononçant pour l’autonomie et déclara : « L’autonomie était un moyen. Le moyen, nous l’avons employé. Constatons franchement qu’il n’a pas donné les résultats qu’on en attendait… Si nous voulons rentrer rue Lafayette, ce n’est pas pour faire un mariage d’inclination mais pour faire un mariage de raison. Ne pas accepter l’union de nos forces… équivaut à un suicide … Craignons que, si les communistes entrent avant nous à la CGT, nous n’ayons que des difficultés pour y rentrer à notre tour. D’ailleurs n’avons-nous pas le droit d’y arriver avant eux et de travailler pour qu’ensuite, lorsqu’ils voudront y entrer, nous leur disions de laisser dehors la boue politique qu’ils traînent à leurs pieds. » Puis Le Pen présenta au congrès le rapport sur l’unité rappelant la tentative avortée d’unification de la Fédération unitaire et de la Fédération confédérée du Bâtiment, en mai 1924. À la suite de diverses interventions, Le Pen déposa une motion signée par lui-même, Cotinaux de Lyon, Louis Barthe de Biarritz et Émile Alliet du Havre. Présentée par Antoine Pommier, elle affirmait : « Le congrès décide de réaliser l’unité sur les bases de la Charte d’Amiens …, décide la fusion immédiate, convaincu que nos camarades confédérés ont conservé l’état d’esprit qui les animait hier. » Cette motion fut repoussée par 30 voix contre 29 et 3 abstentions.
Julien Le Pen rejoignit cependant la CGT. Au sein de la Fédération confédérée du Bâtiment, il incarna la minorité face à Cordier. Lors du congrès de 1927, il dénonça « la collaboration permanente » de la Fédération et du patronat. En 1929, il souligna l’importance de l’antimilitarisme. Lors des congrès confédéraux de 1931 et de 1933 où il représenta le syndicat des monteurs électriciens de la Seine dont il était le secrétaire, il défendit les mêmes points de vue.
Après la réunification syndicale, Le Pen critiqua l’attitude des ex-unitaires. « Nous avons l’impression et même la certitude que l’on a organisé la chasse aux militants confédérés, que c’est une véritable corrida des organisations ex-unitaires contre les organisations ex-confédérées », déclara-t-il au congrès fédéral de septembre 1936. Néanmoins l’unité ouvrière s’imposait « car si nous étions encore morcelés, le fascisme se chargerait de nous réunir dans la mort ».
Le Pen collabora de 1923 à 1939 au Libertaire, à La Voix libertaire (Limoges, 1929-1939), journal de l’Association des fédéralistes anarchistes (AFA), et de 1927 à 1936, au Semeur contre tous les tyrans (Caen-Falaise, 1923-1936) de Barbé qui défendait notamment les objecteurs de conscience, au Réfractaire (Paris, 13 numéros d’octobre 1927 à décembre 1932), bulletin de la Ligue des réfractaires à toutes les guerres et, plus occasionnellement à la revue Plus loin (Paris, 1925-1939) du docteur Marc Pierrot.
Au début des années 1930 il était membre du Comité de défense sociale dont les responsables étaient Felix Beaulieu Beylie (secrétaire) et Gaston Rolland (trésorier) et qui se réunissait chaque semaine au restaurant coopératif La Solidarité, 15 rue de Meaux.
En 1935 son domicile 7 rue de Trétaigne à Paris 18e, figurait sur la liste de vérification de domiciles d’anarchistes.
Pendant l’occupation allemande, Le Pen condamna la collaboration et la Charte du travail et c’est sous son impulsion que le syndicat des monteurs électriciens dont il était le secrétaire, condamna nettement Belin Dumoulin, Froideval et les autres syndicalistes ralliés à la politique de Vichy. À la Libération, après que les communistes l’aient évincé du secrétariat du syndicat des électriciens, il devint, pour peu de temps, délégué à la commission exécutive de la Fédération CGT du Bâtiment où ses compétences furent utilisées lors des négociations avec le patronat de la branche pour le réajustement des salaires et les nouvelles conditions de travail. Julien Le Pen décédait peu après fin janvier 1945.