Eugène Ruffin était né de père inconnu et de Louise Ruffin domiciliée 19 rue des Chariots à Vanves. Il militait à Paris avec notamment avec Charles Giovanone.
En 1889 il était soldat à Constantine (Algérie) dans le 3e Régiment de zouaves dont, à l’instigation de Giovanone, il avait déserté le 3 janvier 1890 et, après un passage par Tunis sous le nom de son frère, il s’était réfugié en mars 1891 en Suisse chez Giovanone qui lui avait trouvé du travail comme parqueteur et l’hébergeait 26 rue Montchoisy aux Eaux-Vives. Tous deux fréquentaient le groupe de déserteurs et participaient aux réunions tenues chez Moise Ardaine. Il était notamment en relations avec Emiler Hotz, Alfred Mary et Cazenove Lafon.