En 1876 Emil Werner se trouvait en Suisse où, avec Brousse dont il était le traducteur et entre autres Rinke, il avait été le fondateur de l’Arbeiter Zeitung (Berne, 1876-octobre 1877). Le 27 février 1877, sur le thème « Le socialisme en Allemagne » il avait donné une conférence à Neuchâtel. Après avoir participé en mars 1877 à la commémoration de la Commue de Paris, il avait été condamné le 16 août à 30 jours de prison et à l’expulsion du canton pour 3 ans.
Du 4 au 6 août il avait participé à Saint-Imier au congrès de la Fédération jurassienne. Cette même année 1877 il avait été le délégué avec Partinoire des sections allemandes de Suisse aux congrès de Verviers et Gand.
En octobre 1877 il était parti en Allemagne où en février 1878, lors d’une assemblée populaire organisé par les sociaux-démocrates à Leipzig sur la question de l’Orient, il s’était opposé à Liebknecht et avait exposé ses conceptions fédéralistes (liberté pour ces provinces opprimées de s’organiser à leur guise), résolution qui avait été repoussée à une faible majorité.
Emil Werner était membre au début des années 1880 des premiers groupes anarchistes allemands avec notamment Reinsdorf, Rinke et Riekens.
On le retrouve à Genève en février 1882 comme conférencier sur la tombe de Franz Theodor Eisenhauer et de nouveau à Genève, la même année, il participe à la Section de propagande et collabore au Révolté, aux côtés de Reclus, Kropotkine, Herzig, Pindy, etc.
En 1886, selon un rapport de police, venant d’Amérique(??), il était arrivé à Liverpool et aurait été envoyé par Most pour parcourir l’Europe pour organiser des grèves et faire de la propagande pour le fait. Après avoir visité successivement Londres,Gand, Bruxelles, Munich, il se rendit en Italie d’où il passa en Suisse où sa présence avait été signalée à Neuchâtel le 9 mai 1886 et où il aurait déclaré vouloir se rendre à Lyon et à Marseille dans le courant du mois de juin. (cf AD Marseille 4M2418)
Au printemps 1895 il figurait sur l’État signalétique confidentiel des anarchistes étrangers non expulsés résidant hors de France et domicilié alors à Berlin.
A Londres R. Rocker l’aurait suspecté d’être un indicateur au service de Scotland Yard.