Le 19 février 1891, lors du tirage au sort à Saint-Denis, avec plusieurs compagnons anarchistes, François Pernin avait bruyamment manifesté aux cris de “A bas la patrie ! Vive l’anarchie !”, ce qui lui valut d’être poursuivi le 23 mars suivant avec Arthur Voyez, Nestor Ferrière, Charles Galau, Michel Bastard, François Collion et Henry Decamps. Tous furent acquittés à l’exception de Decamps condamné à 15 jours de prison. Comme de très nombreux compagnons, tant à Paris qu’en banlieue et en province, il fut arrêté à Saint-Ouen le 22 avril 1892, préventivement à la manifestation du 1er mai. Inculpé pour "association de malfaiteurs", il fut relâché au bout de quelques jours. Il fut inscrit au fichier Bertillon en juillet 1894. Lors de son interrogatoire il avait déclaré n’avoir jamais fait partie d’un groupe et n’avoir jamais préconisé la violence. Il demeurait alors 4 Impasse Magenta, puis 55 rue Arago à Saint-Ouen. Il était en instance de divorce avec Sidonie Abel (épousée en 1885 à Dunkerque) et vivait alors avec Marie Wolck. Il fréquentait les compagnons de Saint-Ouen, de Saint-Denis et de Clichy, était lié à Gustave Mathieu.

Le 30 juin 1894, le préfet de police délivra un mandat de perquisition et d’amener à son encontre. Le 1er juillet à 5h30 du matin, le chef de la 1ere brigade de recherches de la Préfecture de police se présenta chez Pernin qui occupait une chambre au 1er étage avec sa maîtresse et les deux enfants de celle-ci. La perquisition fut infructueuse. Il fut arrêté et conduit à Mazas le 4 juillet. Le 5 juillet, des conseilleurs municipaux et habitants de St Ouen adressèrent au juge d’instruction, une pétition indiquant que Pernin ne s’occupait plus d’anarchie. Il fut remis en liberté le 19 juillet. La procédure se conclut par un non-lieu le 29 juin 1895.