Pendant la guerre Fernando Alemany Fernandez était le secrétaire de la FL-CNT de Barcelone et travaillait comme délégué de la FL à la Casa CNT-FAI, siège du Comité régional catalan. Il y participa à de très nombreuses réunions. En janvier 1938, comme délégué des Syndicats uniques de Barcelone, il participa à la commission sur la planification industrielle lors du Plenum national élargi tenu à Valence. A la fin de la guerre il était membre du Comité régional catalan.
Passé en France le 9 février 1939, il fut interné au camp d’Argelès, puis, le 18 avril 1940, au camp du Vernet en tant que “suspect au point de vue national”. Le 11 juillet 1942, il fit partie avec 44 autres militants anarchistes espagnols — dont F. Gurucharri, Francisco Isgleas, Pedro Herrera, Germinal de Sousa, Antonio Ortiz Ramirez, Ricardo Sanz, Ramon Liarte, J. J. Domenech — à être transférés à Port Vendres pour y être déporté sur le navire Sidi Aïssa en Algèrie où il fut interné au camp de Djelfa. Ce convoi était le neuvième d’une série de 10 (mars 1941-décembre 1942) d’étrangers “indésirables” déportés en Afrique du Nord par le gouvernement de Vichy.
Après la Libération Fernando Alemany milita à la CNT à Oran. Il avait été nommé en 1947 secrétaire administratif du nouveau comité du MLE-CNT d’Afrique du nord dont le siège avait été fixé à Oran. Les autres membres du secrétariat étaient : Francisco Roca (secrétaire), Manuel Gordillo (Défense), Perfecto Balaguer (propagande), José Gil, Domingo Diaz (politico-social) et Antonio Garcia (coordination).
Rapatrié en France sans doute au début des années 1960, il travailla à Lyon dans une entreprise métallurgique et continua de militer à la CNT. Lors du congrès de la CNt tenu à Marseille les 19-23 août 1967, il avait été nommé le secrétaire du Secrétariat intercontinental à Toulouse aux cotés de Francisco Pérez et Antonio Leon (secrétaires adjoints).
Fernando Alemany Fernandez est décédé à Toulouse (?) le 11 décembre 1985. Il avait fait don de son corps à la médecine.