Joseph Hugues avait encouru, le 1er février 1853, une peine légère pour délit forestier (1 f d’amende infligée par le tribunal de Saint-Claude, le père étant civilement responsable). Monté à Paris où avant 1871 il demeurait 19 rue Réaumur (IIe arr.), il fut pendant la Commune le responsable du 54e Bataillon confédéré. Par contumace, le 6e conseil de guerre le condamna, le 8 février 1873, à la déportation dans une enceinte fortifiée.

Réfugié à Lausanne, il fut délégué de la section de langue française de cette ville au 8e congrès de l’AIT « antiautoritaire » tenu à Berne les 26-29 octobre 1876.

Hugues fut gracié le 24 mai 1879, mais sous condition d’arrêté d’expulsion. On pensait, en effet, qu’il s’était fait naturaliser Suisse, mais le directeur de la Sûreté générale écrivit au garde des Sceaux, le 17 octobre 1879, qu’il s’agissait d’une erreur ; sans doute l’arrêté d’expulsion fut-il alors rapporté.