Germinal de Sousa était le fils du militant libertaire Manuel Joaquin de Sousa. Il avait commencé à militer en 1925 au sein des Jeunesses syndicalistes de Lisbonne et au groupe anarchiste Germinal notamment avec Emidio Santana. Membre des Comités d’action de la CGT, il participait en 1926 à la lutte clandestine. Selon certaines sources, il aurait participé avec son père au congrès anarchiste espagnol tenu en mai 1926 à Marseille et aurait brièvement milité au groupe Bien être et liberté de Toulouse. Il allait ensuite à Madrid où en 1928 il était membre du groupe anarchiste Solidaridad.
Revenu au Portugal il participait en 1931 à la fondation de l’Alliance Libertaire puis à l’organisation de la Fédération anarchiste régionale portugaise (FARP) lièe à la Fédération anarchiste ibérique (FAI). Puis il quittait le Portugal pour échapper à la répression – ce qui lui sera reproché par certains militants portugais estimant qu’il aurait pu rester en prenant certaines précautions – et s’exilait en Espagne où il allait être membre du groupe Nervio de la FAI et maintenir une correspondance régulière avec le Comité confédéral de la CGT, qu’il aurait rencontré à l’été 1933 lors d’un voyage clandestin au Portugal.
Selon le rapport intitulé "Menées terroristes", établi par la direction de la Sureté générale française en mai 1937, il avait été expulsé d’Espagne et avait été signalé comme “anarchiste dangereux” le 6 mai 1935.
Au moment du déclenchement du coup d’État franquiste, il se trouvait à Barcelone et était membre du Comité péninsulaire de la FAI. Il regagna semble-t-il Madrid où en septembre il était rresponsable de la Colonne Tierra y Libertad. Le 3 novembre 1936 il participa à la réunion où fut décidée l’entrée de la CNT dans le gouvernement républicain. Nommé secrétaire du Comité péninsulaire de la FAI, il la repésenta dans de nombreuses réunions des Comités nationaux CNT-FAI-FIJL ainsi qu’à de nombreux plenums ou congrès (plenum FAI de Valence de juillet 1937). Au sein de la FAI il s’opposa à la tendance voulant transformer l’organisation en véritable parti politique. En 1938 il fut avec Abad de Santillan, le représentant de la FAI au Comité national du Front populaire.
Le 15 janvier 1939, lors d’une des dernières réunions tenue à Barcelone par les responsables du mouvement libertaire, il fut l’un des rares intervenants à avoir une analyse relativement claire de l’avenir ; pour lui il n’y avait plus que deux possibilités : résister jusqu’au bout, ce qui équivalait à un suicide collectif ; ou bien l’exil en France où ils ne pouvaient espérer que les camps de concentration ; pour ceux qui en doutaient il avait ajputé « Nous sommes des révolutionnaores, nous avons voulu tout changer et comment croyez vous qu’ils vont nous acceuillir ? ».
Passé en France peu après il fut membre du Conseil général du Mouvement libertaire fondé à Paris en février 1939 par les exilés espagnols et dont étaient notamment membres Federica Montseny, Germinal Esgleas, Francisco Isgleas, Valerio Mas Casas et Pedro Herrera. Le 18 mars 1939 il figurait sur une liste de 29 anarchistes espagnols autorisés à résider à Paris ou dans le départemernt de la Seine pour une durée de un mois à trois ans.
En mai 1940 il fut interné au camp du Vernet d’Ariège d’où le 11 juillet 1942, avec 44 autres militants libertaires espagnols - dont Pedro Herrera, Antonio Ortiz Ramirez, Fernando Alemany, Francisco Isgleas, Ricardo Sanz et J. J. Domenech - il fut transféré à Port Vendres pour être déporté en Algérie sur le Sidi Aïssa. Ce convoi était le neuvième d’une série de dix (mars 1941-décembre 1942) d’étrangers "indésirables" déportés en Afrique du Nord par le gouvernement de Vichy. Il fut interné au camp de Djelfa puis au camp de Berrouaghia.
Libéré en mars 1943, il s’installa à Alger où il resta jusqu’en 1948, mais n’avait plus aucune responsabilité au sein du mouvement libertaire. Il rentrait alors au Portugal. A la même époque, selon Adriano Bothelo, la CGT recevait une lettre de mise en garde contre lui de l’AIT ; les raisons n’en seront jamais données, malgré les demandes de la CGT, la police ayant démantelé, entre temps, les filières des relations internationales de l’organisation. Germinal de Sousa, resté isolé, gagnera alors par ses propres moyens l’Espagne et résidera chez sa compagne Modesta Flores à Barcelone.
Germinal de Sousa est mort à Lisbonne le 3 novembre 1968.